游戲故事敘述在北美發現一種能改變宿主基因、使宿主變成兇暴怪物的寄生蟲“阿爾法蟲”。感染力比一般寄生蟲來得強，一旦感染范圍擴大，甚至必須將整個地區消滅。為了避免造成無謂的恐慌，因此聯合國選擇隱瞞感染的事實真相，并封鎖相關情報。但是，2015年8月12日東京確認了新的感染案例，且感染規模爆發性的擴大，因此聯合國決定對東京展開攻擊。在東京即將毀滅之際，只有一個人能扭轉局勢……
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1.Ninja Blade Main Theme - Ninja Blade
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2.Beanstalk - Ninja Blade
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3.Opening - Ninja Blade
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4.In Skyscraper - Ninja Blade
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5.Shinjuku Battle - Ninja Blade
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6.Speed Chase - Ninja Blade
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7.Ninja Story - Ninja Blade
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8.Boss Battle - Ninja Blade
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9.Ex-Buddies - Ninja Blade
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10.Big Father - Ninja Blade
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11.Surrounded - Ninja Blade
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12.His Blood - Ninja Blade
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13.Chaos - Ninja Blade
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14.Searching - Ninja Blade
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15.Kuroh - Ninja Blade
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16.Beanstalk (Acoustic Version) - Ninja Blade
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17.Ninja Training - Ninja Blade
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18.Mission Preparation - Ninja Blade
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19.Fatal Confrontation - Ninja Blade
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20.Expressway - Ninja Blade
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21.Tension - Ninja Blade
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22.Kuroh's Betrayal - Ninja Blade
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23.Sudden Confrontation - Ninja Blade
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24.Big Enemies - Ninja Blade
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25.Debriefing - Ninja Blade
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26.A Lonesome Hero - Ninja Blade
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27.Beanstalk (Epilogue) - Ninja Blade
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