為了參加下一次的寵物小精靈大賽，來到了阿拉莫斯鎮的小智一行，邂逅了一名叫做愛麗斯的可愛女性。在愛麗斯的帶領下，小智一行參觀了當地的名勝地『時空之塔』，還有美不勝收的碧水庭園。完全陷入愉快的觀光者氣氛的小智一行，卻發現了庭園變得荒蕪了。這時來到小智一行人面前的是鎮里很有名望的阿爾貝爾特男爵。他肯定的告訴小智他們，破壞庭園的就是幻之寵物小精靈達庫萊伊。接著，從令人不安的?影中，達庫萊伊現身在小智一行的面前。未知的寵物小精靈，達庫萊伊到底是什么東西？正好在那個時候，迪亞路加和帕魯基亞正在時空的縫隙中激烈的戰斗正在擴大。可怕的巨大能量撞擊在一起，切開了整個空間。緊接著，在那個裂縫中出現的，正是阿拉莫斯鎮。

在『時空之塔』的廣場上，達庫萊伊再度降臨。鎮子里的人們和寵物小精靈都被達庫萊伊的“?洞”襲擊，繼而陷入睡眠之中。阿爾貝爾特男爵為了捕捉達庫萊伊，組織了討伐部隊，可達庫萊伊的反擊也十分強烈，反倒使鎮子陷入了更大的混亂。 另一方面，愛麗斯的青梅竹馬科學家托尼奧發現了鎮子里的空間異常現象。并且在研究室里開始閱讀了當年設計『時空之塔』的天才建筑家，也就是他的曾祖父戈迪的日記。在那本日記里，他發現了戈迪寫下的一個重大預言。
『時間和空間分裂之時，巨大的憤怒將包圍世界。 永不停止的眾神之戰……剩下的希望就存在于‘奧拉西翁’之中……?！?

阿拉莫斯鎮被詭異的霧給包圍了起來，并且發生了人們無法離開鎮子的不可思議現象。而察覺到空間異常的托尼奧根據數據分析得知，庭園荒蕪就是‘帕魯基亞即將進入鎮子的前兆’。
世界でいちばん美しい歌がある――サラ?ブライトマン、ニュー?シングル!! 2007年7月14日全國東寶系ロードショー「劇場版ポケットモンスター ダイヤモンド?パール ディアルガVSパルキアVSダークライ」の主題歌。スペシャル?プライスでのリリース。

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1.ビー?ウィズ?ユー～いつもそばに～(ムービー?バージョン) - 寵物小精靈(Pokemon)
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